La libreria dei Minori di San Francesco costituisce il nucleo più antico della Biblioteca comunale di Imola. L'iniziativa di realizzare una libreria all'interno del convento francescano si deve al padre Giuseppe Maria Setti, che, a metà del Settecento, vincolò le sue rendite alla costruzione e al mantenimento di una biblioteca.
In età napoleonica, in seguito alla soppressione delle congregazioni religiose e all'incameramento dei beni, la Municipalità imolese acquisì il convento francescano e la collezione libraria decretandone la proprietà e l'uso pubblico. In seguito confluirono nella biblioteca francescana parte delle biblioteche di altri ordini conventuali tra cui quelle dei Cappuccini, degli Osservanti, dei Domenicani e dei Carmelitani, anch'esse oggetto di confisca. Quelle dei Cappuccini e degli Osservanti erano le più numerose, contando ognuna alcune migliaia di volumi.
La biblioteca degli Osservanti nacque nel 1486 per interessamento di Michele Machirelli. Risale a questo antico nucleo una ricca collezione di incunaboli che si conservano oggi in Biblioteca. Durante la dominazione francese fu spogliata e i suoi libri furono in parte venduti all'asta.

La biblioteca dei Cappuccini, fondata da Alessandro Musotti, vescovo di Imola dal 1579 al 1607, fu notevolmente arricchita nel 1721 dal giureconsulto Martino Vespignani.
Con la Restaurazione fu effettuata una parziale restituzione dei libri ai Cappuccini e agli Osservanti, ma in seguito alla soppressione del 1866 tali librerie furono definitivamente assegnate alla Biblioteca.
Anche la biblioteca dei Gesuiti era particolarmente ricca, contando al momento della soppressione dell'ordine, nel 1773, quasi tremila volumi.
I libri del collegio rimasero in uso alle pubbliche scuole fino al trasferimento delle stesse nei locali del'ex convento di San Francesco, quando furono riuniti agli altri fondi di provenienza conventuale già presenti nella Biblioteca.

Fondi librari

Le librerie conventuali, che secondo una stima sommano a circa tredicimila volumi, hanno parzialmente mantenuto una loro unità nei depositi storici.
I volumi conservati nell'ordine inferiore di Aula Magna sono stati catalogati on-line nell'ambito dei finanziamenti del progetto Folia, presentato dalla Biblioteca Estense Universitaria di Modena, affiancata dalla Soprintendenza per i Beni Librari e Documentari della Regione Emilia- Romagna, nel quadro della L. 145/92.