Il decreto vicereale del 5 settembre 1807 e il decreto reale del 21 dicembre 1807 stabilirono l'accentramento degli enti di assistenza e beneficenza in un'unica amministrazione denominata Congregazione di carità, da istituirsi in ogni comune.
A Imola i componenti della Congregazione di carità, con nomina approvata con dispaccio prefettizio del 22 febbraio 1808, si riunirono per la prima volta il 4 marzo 1808 e stabilirono un'unica organizzazione e amministrazione dell'ospedale, degli orfanotrofi e degli enti di assistenza.
A fronte di un'amministrazione unica per l'Ospedale di S. Maria della Scaletta, il Monte di pietà, il Conservatorio delle Donzelle, il Conservatorio delle Mendicanti e l'Orfanotrofio maschile, ogni istituto conservava comunque le proprie attività e passività mantenendo conti distinti. La Congregazione si componeva di sei membri e di due presidenti, che erano il vescovo e il podestà della città.
La Congregazione di carità a Imola venne sciolta per ordine di papa Pio VII trasmesso con lettera del vicario generale apostolico Monti del 10 novembre 1815.