L'8 febbraio 1563 il Consiglio comunale di Imola istituì la Confraternita di S. Maria della Misericordia, con il compito di provvedere all'amministrazione e all'organizzazione del Conservatorio, denominato delle Donzelle, in cui si ospitavano fanciulle orfane e povere. Patrocinatori dell'istituto furono il Comune di Imola e l'Ospedale di S. Maria della Scaletta.
La Confraternita si riunì per la prima volta il 28 febbraio 1563. Il Conservatorio delle Donzelle diventò ente a sé stante nel 1567.
Per essere ammesse le fanciulle dovevano avere la residenza imolese, un'età compresa tra i 7 e i 12 anni, e dimostrare di essere in stato di povertà, conseguentemente alla morte di uno dei genitori. La Confraternita di S. Maria della Misericordia amministrò il Conservatorio delle Donzelle sino al periodo napoleonico, quando le funzioni di beneficenza e assistenza passarono alla Congregazione di carità, istituita nel 1807. Dal 1818 la nuova denominazione dell'istituto divenne Conservatorio delle Alunne di S. Giuseppe. Con i decreti del 25 luglio e 19 agosto 1859 del commissario regio Cipriani e con legge del 23 ottobre 1859 venne istituita la Congregazione di carità, che a Imola amministrò anche il Conservatorio delle Alunne di S. Giuseppe. Il regio decreto del 23 marzo 1865 istituì il Consiglio degli orfanotrofi, che amministrava il Conservatorio delle Alunne di S. Giuseppe. Nel 1902 l'istituto cambiò denominazione in Orfanotrofio femminile. Nel 1937 venne istituito l'Ente comunale di assistenza in luogo della Congregazione di carità e gli Orfanotrofi maschile e femminile vennero assegnati all'Amministrazione degli ospedali e delle istituzioni riunite di Imola. Nel 1977 l'Orfanotrofio femminile terminò l'attività educativa pur continuando l'amministrazione dei beni. Nel 1990 l'Amministrazione degli ospedali e delle istituzioni riunite di Imola cambiò la denominazione in Amministrazione delle istituzioni riunite di Imola e nel 2000 il Consiglio della Regione Emilia-Romagna deliberò la fusione di nove Ipab, tra cui gli Orfanotrofi femminile e maschile, nell'unica amministrazione denominata Istituzioni riunite di Imola.