Nella seduta del 9 giugno 1589 il Consiglio comunale di Imola nominò sei dei suoi consiglieri per costituire una confraternita per l'assistenza ai mendicanti, che nel 1592 cominciò a stilare un censimento dei poveri della città.
Nel 1602, la confraternita ricevette il contributo di 500 scudi dal conte Giancarlo Pepoli di Bologna, per poter proseguire la sua attività. Nello stesso anno si costituì anche una confraternita femminile con sede nella casa del defunto Marcantonio Milani.
Dal 1802 la sezione maschile del Conservatorio dei Mendicanti si unì all'Orfanotrofio della confraternita della S. Croce nell'ex convento gesuitico di S. Agata, che mutò la denominazione in Orfanotrofio maschile.
La sezione femminile del Conservatorio dei Mendicanti, amministrata durante il periodo napoleonico dalla Congregazione di carità, nel 1813, insieme al Conservatorio delle Donzelle costituì il Conservatorio delle Alunne della Carità.